Die Unterteilung in Kreis- und Bezirksgeschäftsstelle hat ihren Ursprung in der Abspaltung der Malteser Hilfsdienst gemeinnützige GmbH vom Malteser Hilfsdienst e.V.. Der Sinn dieser Unterteilung ist (kurz gesagt) die Auslagerung des unternehmerischen Risikos der GmbH-Aktivitäten um die Kernarbeit der Malteser abzusichern. Die Kreisgeschäftsstelle repräsentiert dabei den e.V., während die Bezirksgeschäftsstelle eine Einrichtung der GmbH darstellt. Beide Geschäftsstellen befinden sich jedoch im gleichen Gebäude und arbeiten im täglichen Dienst auch eng zusammen.
Die räumliche Trennung der Geschäftsstellen von der Rettungswache ist auf die Nähe der Rettungswache des Roten Kreuzes zurückzuführen. Um auch den östlichen Teil Straubings rettungsdienstlich absichern zu können, haben sich die Malteser für eine Auslagerung der Rettungswache entschieden.